Thèse de doctorat d'Amandine LURETTE

Titre

Modélisation pour l'évaluation de mesures de maîtrise du portage de salmonelles chez le porc charcutier

Dates

Novembre 2004 - 22 octobre 2007 (soutenance)

Directeur de thèse

• Henri SEEGERS, UMR708 Gestion de la Santé Animale (GSA), INRA/ENVN, Nantes - devenue en 2008 UMR1300 Bioagression, épidémiologie et analyse de riques (BioEpAR)

Co-encadrants

• Suzanne TOUZEAU, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA), INRA, Jouy-en-Josas
• Catherine BELLOC, Christine FOURICHON & Thierry HOCH, UMR708 Gestion de la Santé Animale (GSA), INRA/ENVN, Nantes - devenue en 2008 UMR1300 Bioagression, épidémiologie et analyse de risques (BioEpAR)

École doctorale

Vie-Agro-Santé, Université Rennes 1

Financement

ASC «Approche intégrée des systèmes biotechniques», INRA

Laboratoires d'accueil

• UMR708 Gestion de la Santé Animale (GSA), INRA/ENVN, Nantes - devenue en 2008 UMR1300 Bioagression, épidémiologie et analyse de risques (BioEpAR)
• UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA), INRA, Jouy-en-Josas

Résumé

Nous avons élaboré un modèle de simulation stochastique représentant la dynamique des populations de truies et de porcs dans un troupeau naisseur-engraisseur et la transmission indirecte des salmonelles au sein de ce troupeau. Nous avons testé l'effet des paramètres associées aux modalités de conduite et au mécanisme d'infection sur la prévalence de l'infection dans les lots de porcs charcutiers livrés à l'abattoir par analyses de sensibilité. Les interactions entre troupeaux au sein d'une structure de production ont été représentées par couplage de modèles. Le rôle des truies dans l'infection des porcelets et la conduite du troupeau sont des points critiques pour la maîtrise de l'infection. Au sein d'un ensemble de troupeaux, il est nécessaire d'adapter les protocoles d'estimation de la prévalence de l'infection afin d'améliorer cette prévalence de manière collective. La méthodologie est originale et permettra d'étudier d'autres mesures au sein d'un troupeau et de la filière.
Mots-clés : modélisation, salmonelles, porc, stochastique, simulation, population gérée, conduite en bandes, mesure de maîtrise.

Title & Abstract

Modelling to assess control measures for Salmonella carriage in slaughter pigs
A stochastic simulation model has been developed to represent both the pig and sow population dynamics within a farrow-to-finish herd and the indirect Salmonella transmission within this herd. The effect of parameters related to herd management and infection mechanism on the infection prevalence in groups of slaughter pigs were studied by sensitivity analyses. The interactions between herds within a production structure were represented by coupling several herd models. The role of sows in piglet infection and the batch management system are critical points to consider for the infection control. Within a herd network, detection samplings which estimated the Salmonella infection prevalence have to be adapted to improve this prevalence in a collective way. The methodology used is original and allows to study others control measures within a herd and within the pork food chain.
Keywords: modelling, Salmonella, pig, stochastic, simulation, managed population, batch management, control measures.

Mémoire

[document pdf]

Autres publications (thèse et post-doctorat)

Articles

• A. Lurette, S. Touzeau, P. Ezanno, T. Hoch, C. Fourichon, H. Seegers, C. Belloc. How within-herd biosecurity can lead to better Salmonella infectious status in groups of slaughter pigs: a simulation study. J. Anim. Sci., 2011. doi:10.2527/jas.2010-2916
• A. Lurette, S. Touzeau, M. Lamboni, and H. Monod. Sensitivity analysis to identify key parameters influencing Salmonella infection dynamics in a pig batch. J. Theor. Biol., 258(1): 43-52, 2009. doi:10.1016/j.jtbi.2009.01.026
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, P. Ezanno, H. Seegers, and C. Fourichon. Modelling Salmonella spread within a farrow-to-finish pig herd. Vet. Res., 39(5):39-49, 2008. doi:10.1051/vetres:2008026
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modelling batch farrowing management within a farrow-to-finish pig herd: influence of management on contact structure and pig delivery to the slaughterhouse. Animal, 2(1):105-116, 2008. doi:10.1017/S1751731107000997
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Influence de l'efficacité de la décontamination des salles d'élevage sur la prévalence de portage de Salmonella dans les lots de porcs charcutiers issus d'un troupeau naisseur-engraisseur. Épidémiol. et Santé Animale, 52:41-48, 2007. [http]

Colloques & conférences

• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, and M. Keeling. Pathogen control within the pyramidal structured network of pigs' movements in France. In Epidemics-2 - Second International Conference on Infectious Disease (Athens, Greece), December 2009. Abstract (poster).
• A. Lurette, S. Touzeau, P. Ezanno, T. Hoch, C. Fourichon, H. Seegers, C. Belloc. Modelling as a tool to identify key measures to reduce Salmonella prevalence in slaughter pigs. In Epidemics-1 - First International Conference on Infectious Disease (Asilomar, CA, USA), December 2008. Abstract (poster).
• A. Lurette, S. Touzeau, M. Lamboni, H. Monod. Identifying key-parameters influencing Salmonella prevalence in a pig batch model: a sensitivity analysis on dynamical outputs. In 7th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Edinburgh, UK), June-July 2008. Abstract (contributed talk).
• A. Lurette, S. Touzeau, P. Ezanno, T. Hoch, C. Fourichon, H. Seegers, C. Belloc. Modelling as a tool to identify key measures to reduce Salmonella prevalence in slaughter pigs. In Proceedings of the 20th International Porcine Veterinary Society Congress (Durban, South Africa), June 2008. Abstract (oral presentation).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Étude exploratoire par simulation de l'effet de mesures de maîtrise sur le portage de salmonelles chez le porc charcutier. Dans 40èmes Journées de la Recherche Porcine (Paris, France), IFIP, INRA, février 2008, pp. 7-12. Résumé étendu (communication orale).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Influence des conduites et des pratiques d'hygiène sur la prévalence de portage de Salmonella dans les lots de porcs charcutiers : étude par modélisation. Dans Journées scientifiques de l'AEEMA (Maisons-Alfort, France), mai-juin 2007. Résumé (communication orale).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Modelling the prevalence of Salmonella carrier pigs at slaughtering age: influence of management systems and of the Salmonella status of replacement gilts. In 7th International Symposium ``Safepork'' - On the epidemiology and control of foodborne pathogens in pork (Verona, Italy), May 2007. Extended abstract (oral presentation).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Modélisation de l'effet de la conduite d'élevage sur la propagation de Salmonella en élevage naisseur-engraisseur. In 39èmes Journées de la Recherche Porcine (Paris, France), IFIP, INRA, février 2007, pp. 351-356. Résumé étendu (communication orale).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Modelling Salmonella transmission in a pig farm under different management strategies. In 11th International Symposium on Veterinary Epidemiology and Economics (Cairns, Australia), August 2006. Abstract (poster and short communication).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Simulation of the influence of biosecurity strategies on prevalence of Salmonella in slaughter pigs. In Proceedings of the 19th International Porcine Veterinary Society Congress (Copenhagen, Denmark), July 2006. Abstract (oral presentation).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Modélisation de l'effet de la conduite sur la propagation de Salmonella en élevage porcin. Dans Conférence Francophone sur la Modélisation Mathématique en Biologie et en Médecine (Craiova, Roumanie), juillet 2006. Résumé (communication orale).
• A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, C. Fourichon. Modelling Salmonella transmission in a pig farm under three biosecurity strategies. In International Symposium of Salmonella and Salmonellosis (Saint Malo, France), May 2006. Extended abstract (poster).

Post-doctorat et recrutement INRA

De novembre 2008 à octobre 2009, Amandine Lurette a poursuivi son contrat d'ASC par un post-doctorat à l'Université de Warwick (Angleterre), dans le groupe Epidemiology avec Prof. Matthew J. Keeling.
En octobre 2009, elle a été recrutée comme CR2 INRA dans l'UMR868 Élevage des ruminants en régions chaudes (devenue SELMET), INRA - CIRAD - Montpellier SupAgro.