Co-Extra

André KOBILINSKY et Valérie ANCEL participent aux "WorkPackages" suivants:

WP4: Development of testing and sampling approaches.

Participation au travail sur le développement de lignes directrices pour la détection de valeurs aberrantes dans le cadre d'un modèle linéaire. Travail sur la définition d'un modèle de sous échantillonnage pour limiter les coûts d'analyse. Élaboration d'une méthode statistique pour la détection de « gene stacking ».

WP5: Development and integration of analytical traceability tools.

Mise en place d'un plan d'expérience pour la comparaison d'appareils et de chimies utilisés pour l'analyse d'ADN dans le cadre de la détection d'OGM. Amélioration de la méthode de quantification d'ADN dite « méthode du ??Ct » en introduisant des dilutions dans les analyses des échantillons testés.

WP6: Technical challenges of GMO detection.

Développement d'un outil permettant de détecter la présence d'OGM non autorisés dans un échantillon: méthode de la Q-PCR différentielle.

Méthodologies

Modèle linéaire; Statistique asymptotique; Théorie des tests; Modèle biadditif; Modèle multinomial; Optimisation sous contraintes; Contrôle de qualité; Plan d'expérience.

Participants

André KOBILINSKY

Encadrements

Valérie ANCEL, Etude du modèle de quantification pour la PCR quantitative temps réel. Application à la détection des OGM, thèse, juin 2005 - juin 2009.

Collaborations

Le principal partenaire de MIAJ dans ce projet est l'équipe MDO de l'INRA de Versailles.
Dans le cadre du travail pour le développement de lignes directrices pour la détection de valeurs aberrantes du WP4, les principaux collaborateurs sont LGC (LGC Limited) et JRC-IHCP (Joint Research center)
Pour le travail sur la mise en place et le développement de la méthode de la Q-PCR différentielle du WP6, une collaboration plus accrue a été réalisée avec le partenaire NIB (National Institute of Biology)
Pour la validation de la méthode de la Q-PCR différentielle, une collaboration avec la DGCCRF (Laboratoire de la Direction Générale de la Concurrence de la Consommation et de la Répression des Fraudes) a été engagée.

Publications

Participation à la rédaction de rapports ("Deliverable") pour le projet européen Co-Extra:

D4.2 (Part 2.2) Guidelines for detection of outliers in a linear model. Application for quantitative model in Q-PCR, V. Ancel.
D4.3 (Part 4.4) : Software tools for sample size determination from GM lots - OPtimal ACceptance Sampling by Attributes (OPACSA), V. Ancel, A. Kobilinsky.
D5.3 (Part 5): Accurate estimation of a ratio "GM copy number/Reference gene copy number" V. Ancel, Y. Bertheau, V. Laval, C. Couture, and A. Kobilinsky
D6.6 (Part 3.2) : Detection of "Non-authorized events" using differential quantitative PCR: application of P35S as a case of maize, V. Ancel, V. Laval.

Article:

K. Cankar, V. Chauvensy-Ancel, M.-N. Fortabat, K. Gruden, A. Kobilinsky, J. Zel, Y. Bertheau, Detection of nonauthorized genetically modified organisms using differential quantitative polymerase chain reaction: application to 35S in maize, Anal Biochem. 2008 May 15;376(2):189-99.

Communications:

Novembre 2007 : Third International Conference on Coexistance between Genetically Modified (GM) and non-GM based Agricultural Supply Chains (GMCC), Séville. Poster : Detection of non-authorized GMO using differential quantitative PCR method: application to P35S case in maize. V. Ancel
Avril 2008 : Workshop on sampling for GMO traceability in the agri-food and feed chain, Rome. Présentation orale : OPtimal ACceptance Sampling by Attributes (OPACSA): Sub- sampling strategies. V. Ancel

Co-Extra : GM and non-GM supply chains: their CO-EXistence and TRAceability